โรงเรียนสายบุรีอิสลามวิทยา ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2511 โดยนายนิเดร์ วาบา เดิมชื่อโรงเรียนอัลมะอ์ฮัดดุลญีฮาดุลอิสลามีย์ เปิดสอนวิชาศาสนาในระดับ อิบติดาอีย์ เพียงอย่างเดียว
21 ธันวาคม 2515 นายนิเดร์ วาบา ได้รับโอนกิจการโรงเรียนลาเมาะวิทยา มาตั้งไว้ที่โรงเรียนอัลมะอ์ฮัดดุลญีฮาดุลอิสลามีย์ บ้านสะพานม้า อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี และ เรียกชื่อโรงเรียนว่า “ลาเมาะวิทยา” มีนายนิเดร์ วาบา เป็นเจ้าของและผู้จัดการ นายดอเลาะ เจะสนิ เป็นครูใหญ่
4 ธันวาคม 2517 โรงเรียนได้เปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนลาเมาะวิทยามาเป็น “โรงเรียนสายบุรีอิสลามวิทยา” เพื่อให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาการศึกษาแห่งชาติและสะดวกในการเรียกชื่อทางราชการ และเปิดทำการสอนวิชาสามัญชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 ตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ และวิชาศาสนาอิสลามได้ทำการเปิดสอนตั้งแต่ชั้นปีที่ 1 ถึงชั้นปีที่ 9 ตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ ว่าด้วยการปรับปรุงส่งเสริมปอเนาะ เขตการศึกษา 2 พ.ศ. 2504
ปีการศึกษา 2521 ได้เปิดทำการสอนระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 โดยใช้หลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น พุทธศักราช 2521 จำนวน 2 ห้องเรียน
11 มกราคม 2522 นายนิเดร์ วาบาไปรับราชการตำแหน่งดะโตะยุติธรรมศาลจังหวัดปัตตานี จึงได้พิจารณาแต่งตั้งนายอุสมาน สะอีดี ให้ดำรงตำแหน่งผู้จัดการโรงเรียนตามใบอนุญาตเลขที่ 143 / 2522
ปีการศึกษา 2522 ได้รับอนุญาตให้ขยายชั้นเรียนจากระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น จนถึงระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ( ม.ศ. 4 – ม.ศ. 5) โดยเปิด ห้องเรียน ม.ศ. 4 จำนวน 2 ห้องเรียน ตามระเบียบกระทรวงศึกษาธิการว่าด้วยการจัดการศึกษาตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนปลาย พุทธศักราช 2518 และระเบียบกระทรวงศึกษาธิการว่าด้วยกำหนดเกณฑ์การจัดการศึกษาโรงเรียนราษฏร์สอนศาสนาอิสลามภาคใต้ระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย พ.ศ. 2521
ปีการศึกษา 2524 โรงเรียนได้ทำการเปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.4 – ม.6) ตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนปลาย 2524 ในระยะแรกเปิดสอน 2 แผนการเรียน คือ อังกฤษ – เกษตร, อังกฤษ– คหกรรม
ปีการศึกษา 2527 โรงเรียนได้เปิดแผนการเรียนเพิ่มอีก 2 แผนการเรียน คือ แผนอังกฤษ – คณิต ตามใบอนุญาต เลขที่ 392 / 2527 แผนภาษาไทย – สังคม ตามใบอนุญาต เลขที่ 391 / 2527 ในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย
5 กุมภาพันธ์ 2529 โรงเรียนได้รับอนุญาตให้จัดตั้งเป็นมูลนิธิสายบุรีอิสลามวิทยาเพื่อการศึกษาตามใบอนุญาต เลขที่ ต.113/2529 โดยมีคณะกรรมการมูลนิธิเป็นผู้ดูแลกิจการโรงเรียน
ปีการศึกษา 2529 ได้รับงบประมาณ จากกระทรวงศึกษาธิการ เพื่อเป็นงบก่อสร้างอาคารวิทยาคารสงเคราะห์ จำนวน 1 หลัง เป็นอาคาร 3 ชั้น จำนวน 10 ห้องเรียน 2 ห้องพักครู เป็นเงิน งบประมาณทั้งสิ้น 2,955,000 บาท
ปีการศึกษา 2530 โรงเรียนได้เปิดทำการสอนแผนการเรียนวิทย์ – คณิต ในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย และโรงเรียนได้รับงบประมาณจากกระทรวงศึกษาธิการเพื่อเป็นงบก่อสร้างอาคารวิทยสงเคราะห์ จำนวน 1 หลัง เป็นเงินงบประมาณ 1,700,000 บาท
26 กุมภาพันธ์ 2533 โรงเรียนได้พิจารณาแต่งตั้งให้ นายรอยะ สะแลแม เป็นครูใหญ่ แทน นายดอเลาะ เจะสนิ ซึ่งได้ลาออก
20 กันยายน 2535 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารีได้เสด็จ ทอดพระเนตรการจัดการศึกษาของโรงเรียนและทรงดำริให้มีโครงการการเลี้ยงปลาน้ำจืดเพื่อเป็นอาหารกลางวัน โครงการน้ำนมถั่วเหลือง และโครงการห้องสมุด
ปีการศึกษา 2536 ได้เปลี่ยนสภาพโรงเรียนจากมาตรา 15 (2) มาเป็นโรงเรียนตามมาตรา 15 (1) และเปลี่ยนแปลงหลักสูตรจากหลักสูตรศึกษาของกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2523 ควบคู่กับหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น พ.ศ. 2521 (ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2533) และหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนปลาย พ.ศ. 2524 (ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2533) มาใช้หลักสูตรอิสลามศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น พ.ศ. 2535 และหลักสูตรอิสลามศึกษา ระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย พ.ศ. 2535
ปีการศึกษา 2538 โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดแผนการเรียนวิชาชีพ พิมพ์ดีด-คอมพิวเตอร์ ในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ตามใบอนุญาต เลขที่ 66/2538 และได้ก่อสร้างอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก จำนวน 10 ห้องเรียน จำนวน 1 หลัง และอาคาร 1 ชั้น 4 ห้องเรียน 1 หลัง
ปีการศึกษา 2539 โรงเรียนได้สร้างอาคารเรียน 1 หลัง เป็นอาคาร 2 ชั้น จำนวน 18 ห้องเรียน และโรงเรียนได้รับคัดเลือกให้เข้ารับพระราชทานรางวัล ประเภทโรงเรียนเอกชนดีเด่นขนาดใหญ่
ปีการศึกษา 2541 โรงเรียนได้สร้างอาคารเรียน 1 หลัง เป็นอาคาร 2 ชั้น จำนวน 12 ห้องเรียน
ปีการศึกษา 2542 โรงเรียนได้ประกาศใช้ธรรมนูญโรงเรียน ปีการศึกษา 2542-2544 (School charter) แผนแม่บทของการพัฒนาคุณภาพการศึกษา
ปีการศึกษา 2544 โรงเรียนได้สร้างอาคารห้องสมุดและนวัตกรรมการศึกษา โดยการสนับสนุนของ มูลนิธิเอร ราฮ มา ประเทศอังกฤษ เป็นอาคาร 2 ชั้น เพื่อเป็นสถานที่ค้นคว้าหาความรู้ สร้างความมีส่วนร่วมในการพัฒนาการเรียนการสอนจากห้องนวัตกรรมศึกษา โดยมี ฯพณฯ สุวิทย์ คุณกิตติ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในสมัยนั้น ให้เกียรติมาเป็นประธานเปิดอาคารดังกล่าว และโรงเรียนได้เข้าร่วมโรงเรียนเครือข่ายหมอภาษาพัฒนาเยาวชนของกระทรวงวัฒนธรรม
ปีการศึกษา 2545 โรงเรียนได้ประกาศใช้แผนพัฒนาคุณภาพการศึกษา ปีการศึกษา 2545-2547
2 เมษายน 2545 โรงเรียนได้พิจารณาแต่งตั้งให้ นางสาวฮาปือเสาะ มูเซะ เป็นครูใหญ่แทน นายรอยะ สะแลแม ตามใบอนุญาตเลขที่ ปน 2/2545 13 พฤษภาคม 2545 โรงเรียนสายบุรีอิสลามวิทยา รับรวมกิจการกับโรงเรียนสายบุรีอิสลามศึกษามูลนิธิ ซึ่งเปิดทำการสอนระดับชั้นอนุบาลถึงประถมศึกษา โดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียนสายบุรีอิสลามวิทยา” ตามใบอนุญาตเลขที่ 57/2545
ปีการศึกษา 2546 โรเรียนประกาศใช้หลักสูตรสถานศึกษา 2546 โดยอิงจากหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2544
ปีการศึกษา 2548 โรงเรียนได้ประกาศใช้แผนพัฒนาคุณภาพการศึกษา ฉบับที่ 2 ปีการศึกษา 2548-2550
ปีการศึกษา 2549 โรงเรียนได้เปิดธนาคารโรงเรียนร่วมกับธนาคารออมสิน โดยมี ฯพณฯ อารีย์ วงศ์อารยะ อดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ในสมัยนั้น ให้เกียรติมาเป็นประธานเปิดอาคารดังกล่าวและโรงเรียนได้รับคัดเลือกให้เข้ารับพระราชทานรางวัลโรงเรียนดีเด่น ขนาดใหญ่ จากกระทรวงศึกษาธิการ
ปีการศึกษา 2550 โรเรียนประกาศใช้หลักสูตรสถานศึกษา ฉบับปรับปรุง ปีการศึกษา 2550 และโรงเรียนได้รับคัดเลือกให้เข้ารับพระราชทานรางวัลโรงเรียนดีเด่น ขนาดใหญ่ จากกระทรวงศึกษาธิการ
ปีการศึกษา 2551 โรงเรียนได้ประกาศใช้แผนกลยุทธ์พัฒนาคุณภาพการศึกษา ปีการศึกษา 2551-2553 และโรงเรียนได้เปิดหลักสูตรห้องเรียนต้นแบบสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการ ระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย และโรงเรียนได้รับคัดเลือกให้เข้ารับพระราชทานรางวัลโรงเรียนดีเด่น ขนาดใหญ่ จากกระทรวงศึกษาธิการ
26 มกราคม 2552 โรงเรียนได้รับคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนต้นแบบผู้นำการเปลี่ยนแปลง ขนาดใหญ่ตามโครงการผู้นำการเปลี่ยนแปลง
ปีการศึกษา 2553 โรงเรียนได้รับคัดเลือกให้เข้ารับพระราชทานรางวัลโรงเรียนดีเด่น ขนาดใหญ่ จากกระทรวงศึกษาธิการ
28 กันยายน 2554 โรงเรียนได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษา ระยะเวลา 5 ปี และได้รับมอบระบบประปาบาดาลและระบบปรับปรุงน้ำดื่มมาตรฐานองค์กรอนามัยโลกจากกรมทรัพยากรน้ำบาดาล กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
ปีการศึกษา 2555 โรงเรียนได้บันทึกข้อตกลงความร่วมมือทางวิชาการระหว่างสถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (สส.วท.) กับศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนใต้ (ศฮ.บต.)และสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน และได้รับคัดเลือกให้เข้ารับพระราชทานรางวัลโรงเรียนดีเด่น ขนาดใหญ่ จากกระทรวงศึกษาธิการ
ปีการศึกษา 2556 โรงเรียนได้เปิดสอนหลักสูตรอิสลามศึกษา โปรแกรมอัลกุรอ่าน-วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (โปรแกรมอัซซีฟะอฺ)
ปีการศึกษา 2557 โรงเรียนได้เพิ่มรายวิชาหน้าที่พลเมือง เป็นรายวิชาเพิ่มเติมหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 ลงในหลักสูตรสถานศึกษาตามนโยบายคณะรักษาความสงบแห่งชาติ(คสช.) ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ.2557 และโรงเรียนได้ลงนามความร่วมมือเพื่อพัฒนาศักยภาพครูภาษาไทย วิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ การงานอาชีพและเทคโนโลยี ระหว่างสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน กับสถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ตามโครงการเครือข่ายสะเต็มศึกษาประเทศไทย (STEM Education Network Thailand)
ปีการศึกษา 2558 โรงเรียนได้รับเกียรติบัตรรางวัลพัฒนาการผลการทดสอบระดับชาติการศึกษาขั้นพื้นฐาน (O-NET) ปีการศึกษา 2557
11 กุมภาพันธ์ 2559 โรงเรียนได้พิจารณาแต่งตั้งให้ นายอุสมาน อารง เป็นผู้อำนวยการแทน นางสาวฮาปือเสาะ มูเซะ ตามใบอนุญาตเลขที่ ปน 2/2545
ปัจจุบันโรงเรียนสายบุรีอิสลามวิทยา ตั้งอยู่เลขที่ 263 ถนนท่าเสด็จ ตำบลตะลุบัน อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี มีนายนิเดร์ วาบา เป็นผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการ นายอุสมาน อารง เป็นผู้อำนวยการ